Narodowy Fundusz Zdrowia dysponuje środkami publicznymi przeznaczonymi na ochronę zdrowia. Zapewnienie świadczeń medycznych jest realizowane przez NFZ między innymi poprzez zawieranie umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej. Narodowy Fundusz Zdrowia posiada kompetencję do kontroli realizacji umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej (art. 107 ust. 5 pkt 12 lit. b) ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych). Wielu świadczeniodawców (zakładów opieki zdrowotnej) udziela świadczeń zdrowotnych w ramach prowadzonej przez siebie działalności gospodarczej. Są to prywatne przychodnie i szpitale, a także lekarze prowadzący indywidualną praktykę lekarską
 
          Narodowy Fundusz Zdrowia stał dotychczas na stanowisku, że nie ma obowiązku przeprowadzać kontroli zgodnie z wymogami ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, albowiem jego działalność w tym zakresie określają przepisy szczególne, przede wszystkim rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 15 grudnia 2004 r. w sprawie szczegółowego sposobu i trybu przeprowadzania kontroli przez podmiot zobowiązany do finansowania świadczeń opieki zdrowotnej ze środków publicznych (Dz. U. z 2004 r., Nr 274, poz. 2723)
 
          W sprawie o sygn. akt I C 1129/10 przedsiębiorca dochodził zwrotu kary umownej, którą NFZ nałożył po przeprowadzeniu kontroli niezgodnej z przepisami ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Sąd Rejonowy orzekł, że NFZ ma obowiązek przeprowadzać kontrolę zgodnie z owymi przepisami w sytuacji, gdy podmiotem kontrolowanym jest przedsiębiorca. W takim wypadku jedynie posiłkowo, jako akt niższego rzędu, stosować można przepisy rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 15 grudnia 2004 r. w sprawie szczegółowego sposobu i trybu przeprowadzania kontroli przez podmiot zobowiązany do finansowania świadczeń opieki zdrowotnej ze środków publicznych. Sąd orzekł zwrot kary umownej wraz z odsetkami. Pozwany NFZ wniósł apelację. Jednakże sąd drugiej instancji apelację oddalił, podzielając zapatrywania i oceny prawne sądu I instancji i powoda. Wyrok jest prawomocny. Sądy obu instancji potwierdziły, iż kontrole działalności przedsiębiorców prowadzone przez Narodowy Fundusz Zdrowia muszą przebiegać zgodnie z wymogami ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.